Káva sa do Hondurasu dostala na obchodných lodiach v 18. storočí. Zatiaľ čo niektorí malí farmári už na začiatku pestovali kávu ako menšiu trhovú plodinu, banán zostal hlavnou plodinou v Hondurase počas 19. storočia a začiatkom 20. storočia. Až koncom 20. storočia sa začalo rozšírené a intenzívnejšie pestovanie kávy. Cesta k veľkovýrobe kávy bola pre honduraských producentov posiata kameňmi úrazu. V roku 1998 mal hurikán Mitch, druhý najsmrteľnejší zaznamenaný atlantický hurikán, katastrofálny dopad na produkciu kávy v krajine. Celkovo bolo v Hondurase zničených až 70 % poľnohospodárstva. Toto rozsiahle ničenie viedlo k nedostatku potravín a poškodená vnútorná infraštruktúra ešte viac sťažila prepravu kávy. Mnoho farmárov pašovalo svoj pergamen do susednej Guatemaly, kde mohli získať vyššie ceny. Kvôli pomalému procesu obnovy pašovanie pokračovalo ešte niekoľko rokov po tom, čo hurikán udrel. V tom čase sa veľa honduraskej kávy, najmä tej kvalitnejšej, ktorá mala potenciál dosiahnuť vyššie ceny, predávalo ako guatemalská. Nedávno Honduras bojoval s hrdzou kávových listov (CLR). Rovnako ako mnoho iných krajín Strednej Ameriky, CLR sa začalo objavovať v roku 2010 a intenzita vyvrcholila v roku 2012. Drobní farmári – ktorí tvoria 95 % pestovateľov kávy v Hondurase – štandardne hospodária organicky a s veľmi malým prístupom k vstupom, ktoré by pomohli minimalizovať vplyv CLR. Okrem toho mnohí z týchto farmárov mali starnúce podpníky a malý prístup k sadeniciam alebo školenia v oblasti renovačných postupov. To znamenalo, že malí farmári v Hondurase boli neúmerne postihnutí epidémiou. Hoci sa účinky CLR v posledných rokoch zmenšili, choroba je stále rozšírená a má potenciál zdevastovať produkciu plodín, najmä u malých farmárov. Výzvy môže predstavovať aj dopravná a spracovateľská infraštruktúra. Zatiaľ čo honduraskí farmári pestujú kávu ako hlavnú trhovú plodinu od roku 1900, objemy vývozu zostali malé až do osemdesiatych rokov, čiastočne kvôli ťažkostiam s prepravou pre farmárov a sprostredkovateľov. Tento nedostatok infraštruktúry viedol k celkovo nižšej kvalite produkcie ako v susedných krajinách, čo tiež vytvorilo stigmu voči honduraskej káve.